连州市医疗保障局内设2个综合性机构，分别为办公室和综合业务股；下设1个公益一类事业单位，为连州市医疗保障服务中心。主要职责如下:

　　（一）办公室。负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作。承担信息、安全、保密、信访、政务公开工作。承担财务、资产管理、内部审计等工作。协助上级审核汇总本级职工基本医疗保险基金、城乡居民基本医疗保险基金、生育保险基金预决算草案。承担医疗保障法规政策的宣传工作。负责机关党群工作。承担连州市医疗保障相关数据的管理、统计分析及精算等工作，协助推进医疗保障标准化和信息化建设。承担干部人事、机构编制、劳动工资、教育培训、合作交流、队伍建议和离退休人员服务等工作。

　　（二）综合业务股。组织实施上级制定的医疗保障政策。承担规范性文件的合法性审查工作，承担行政复议、行政应诉等工作，协助承担重大行政决策事项和重大行政执法决定法制审核等工作。组织实施上级制定的定点医药机构医保服务协议和支付管理办法，协助建立健全定点医药服务评价体系和信息披露制度。组织实施上级制定的城乡统一的药品、医用耗材、医疗服务项目、医疗服务设施等医疗保障目录和支付标准。组织实施上级制定的药品、医用耗材价格和医疗服务项目、医疗服务设施收费等政策。组织实施上级制定的药品、医用耗材的招标采购、配送及结算管理政策并监督实施，协助推进药品、医用耗材招标采购平台应用。协助组织、监督全市药品、医用耗材的联合采购、配送。组织实施医疗保险、生育保险、长期护理保险制度、医疗救助、大病（补充）医疗保险等医疗保障的政策。组织实施推进医保支付方式改革，协同推进分级诊疗制度。组织实施上级制定的定点医药机构支付管理、异地就医等管理办法和结算政策、医疗保障关系转移接续制度。协助清远市对本级医疗保险待遇审核、结算，协助本级药品、医用耗材结算管理工作。协助开展医疗保险、生育保险等年终结算工作。承担正处级以上干部和离休干部医疗费用报销工作。组织实施清远市制定的医疗保障基金管理、基金监督制度、医疗保障基金安全防控机制和应对预案。协助清远市监督管理纳入医疗保障支付范围的医疗服务行为和医疗费用，规范医保经办业务，协助依法查处医疗保障领域违法违规行为。

　　（三）连州市医疗保障服务中心：承担本市基本医疗保险、生育保险、医疗救助、公务员医疗补助、离休干部等及上级管理部门交办的医疗保障经办业务工作。负责执行大病补助医疗保险实施方案，协助指导、监督、考核大病补充医疗保险承办商业保险机构服务行为和执行医保制度情况及其派驻工作人员工作情况。参与本市医保定点医药机构和参保人的医疗费用受理、复核、审核，协助地市级医保经办部门开展结算、支付、对账等工作。参与地市外异地安置、工作、学习、长期居住等人员资格审核、备案以及地市外异地就医备案登记工作。协助本市医疗机构医保定点资格申请、资格认定、综合评估，并负责协议的签订和管理。协助监督、检查协议医疗机构的医疗服务行为和执行医保制度情况。负责督促本市医保定点医疗机构落实药品、医用耗材的线上采购及采购计划，并协助开展线上采购考核工作。参与监督、指导、考核定点医疗机构执行国家和省“三大目录”。负责医保政策解读、宣传，开展本机构经办人员和定点医疗机构业务培训工作。负责本市医保业务档案收集、归档、管理。负责医疗保障经办机构内控管理和风险防范。组织开展本市城乡居民医疗保险扩面征缴工作，协助相关部门开展职工医保扩面工作。负责参保人员（含特殊人员）信息收集、维护、变更和保险关系转移、接续。贯彻执行医保市级统筹相关经办工作。承办市委市政府及市医疗保障局交办的其他事务性工作。